Van oudsher is karnemelk een bijproduct van de boterproductie. Een traditionele manier om karnemelk te maken is het toevoegen van melkzuurbacteriën aan melk en vervolgens flink te roeren (karnen), zodat het vet in de melk samen klontert tot boterklonten. De boter kan er worden afgeschept en de overgebleven vloeistof is karnemelk.
Omdat de vraag naar karnemelk en boter gedurende het jaar van elkaar verschillen, was het lastig om continu de juiste hoeveelheid karnemelk te produceren. Daarom is het sinds 1958 toegestaan om karnemelk te bereiden door magere koemelk te verzuren met een cultuur. Hierdoor kan een betere en constantere kwaliteit karnemelk bereid worden die los staat van de boterbereiding. De soort melkzuurbacteriën in karnemelk en yoghurt verschillen en daarom is karnemelk dunner dan yoghurt.